Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

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• IBSpectraFile() : IBSpectraFile
• IChromatogramHandler() : IChromatogramHandler
• IDBoostGraph() : IDBoostGraph
• IDDataContainer() : IDDataContainer< Value, Key, Prefix, KeyMembers >
• IDDecoyProbability() : IDDecoyProbability
• Identification() : Identification
• IdentificationData() : IdentificationData
• IdentificationHit() : IdentificationHit
• IdentificationRuns() : IDRipper::IdentificationRuns
• IdentificationSummary() : IdentificationSummary
• IdentifiedCompound() : IdentifiedCompound
• IdentifiedMolecule() : IdentifiedMolecule
• IdentifiedSequence() : IdentifiedSequence< SeqType >
• IdentifierMSRunMapper() : IdentifierMSRunMapper
• IDFilter() : IDFilter
• IDFreeMassErrorEstimator() : IDFreeMassErrorEstimator
• IDMapper() : IDMapper
• IDMergerAlgorithm() : IDMergerAlgorithm
• IDMzTabStream() : MzTab::IDMzTabStream
• IDRipper() : IDRipper
• IDScoresAsMetaValue() : MRMFeature
• IDScoreSwitcherAlgorithm() : IDScoreSwitcherAlgorithm
• IDSequencedContainer() : IDSequencedContainer< Value, Key, KeyMember >
• IdXMLFile() : IdXMLFile
• IllegalArgument() : IllegalArgument
• IllegalPosition() : IllegalPosition
• IllegalSelfOperation() : IllegalSelfOperation
• IllegalTreeOperation() : IllegalTreeOperation
• ILPDCWrapper() : ILPDCWrapper
• IMBegin() : MSExperiment
• IMEnd() : MSExperiment
• ImmoniumIonsInPeptide() : ImmoniumIonsInPeptide
• importConsensusIDs() : IdentificationDataConverter
• importDBSearchParameters_() : IdentificationDataConverter
• importExperimentalSettings() : XMassFile
• importFeatureIDs() : IdentificationDataConverter
• importFeaturesFromArrow() : ConsensusMapArrowIO, FeatureMapArrowIO
• importFromArrow() : QPXFile
• importFromParquet() : ConsensusMapArrowIO, FeatureMapArrowIO, ProteinIdentificationArrowIO, PSMArrowIO
• importIDs() : IdentificationDataConverter
• importProteinGroupsFromArrow() : ProteinIdentificationArrowIO
• importProteinGroupsFromParquet() : ProteinIdentificationArrowIO
• importProteinsFromArrow() : ProteinIdentificationArrowIO
• importProteinsFromParquet() : ProteinIdentificationArrowIO
• importPSMsFromArrow() : ConsensusMapArrowIO, FeatureMapArrowIO
• importSearchParamsFromArrow() : ProteinIdentificationArrowIO
• importSearchParamsFromParquet() : ProteinIdentificationArrowIO
• importSequences() : IdentificationDataConverter
• IMSAlphabet() : IMSAlphabet
• IMSElement() : IMSElement
• IMSExperimentRandomAccess() : IMSExperimentRandomAccess
• IMSIsotopeDistribution() : IMSIsotopeDistribution
• ImzMLFile() : ImzMLFile
• ImzMLHandler() : ImzMLHandler
• in() : ParquetFilter, ParquetFilterBuilder
• inc() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• incFrom() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• IncludeExcludeTarget() : IncludeExcludeTarget
• IncompatibleIterators() : IncompatibleIterators
• inconsistent() : QuantificationUnits
• incorrectMode_() : PosteriorErrorProbabilityModel
• increaseBoundingBox_() : IDMapper
• incUntil() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• indent() : IndentedStream
• IndentedStream() : IndentedStream
• index() : HashGrid< Cluster >::ConstIterator, HashGrid< Cluster >::Iterator
• Index() : Index
• index() : XMLAttributes
• index2key() : LinearInterpolation< Key, Value >
• index2key_0() : BilinearInterpolation< Key, Value >
• index2key_1() : BilinearInterpolation< Key, Value >
• IndexedMzMLFileLoader() : IndexedMzMLFileLoader
• IndexedMzMLHandler() : IndexedMzMLHandler
• indexOf() : QuantificationUnits
• IndexOverflow() : IndexOverflow
• indexTypeFromString() : USI
• indexTypeToString() : USI
• IndexUnderflow() : IndexUnderflow
• indexUTF8_() : XMLAttributes
• infer() : LevelContextInference, OpenSwathGeneInference, OpenSwathPeptideInference, OpenSwathPeptidoformInference, OpenSwathProteinInference
• inferCleavageSensitiveMods() : RNaseDigestion
• inferFromPeptides() : ModificationDefinitionsSet
• inferIbdPath_() : ImzMLFile
• inferModificationLocation_() : MzIdentMLDOMHandler
• inferMoreEdges_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• inferPosteriorProbabilities() : BayesianProteinInferenceAlgorithm
• inferPosteriorProbabilities_() : BayesianProteinInferenceAlgorithm
• inferProteins() : ProSEAlgorithm
• InIntensityRange() : InIntensityRange< PeakType >
• init() : AccurateMassSearchEngine, SignalToNoiseEstimator< Container >, TargetedSpectraExtractor::BinnedSpectrumComparator, TargetedSpectraExtractor::Comparator, TransformationModelInterpolated::Interpolator
• init_() : CubicSpline2d, GridBasedClustering< Metric >, MzDataHandler, MzXMLHandler, MassExplainer, NLargest, SplineInterpolatedPeaks
• initBins_() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• initChannelMap() : ItraqConstants
• initCvCaches_() : MzIdentMLHandler
• initDataStructures_() : XFDRAlgorithm
• initGridSearchFromParams_() : BayesianProteinInferenceAlgorithm
• initialize() : ConfidenceScoring, GaussFilterAlgorithm, OpenSwathScoring
• initializeCluster() : QTCluster
• initializeFeatureFinder_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• initializeGlm() : ConfidenceScoring
• initializeLookup() : MascotXMLFile
• initializeMIContrastMatrix() : MRMScoring
• initializeMIMatrix() : MRMScoring
• initializeMIPrecursorCombinedMatrix() : MRMScoring
• initializeMIPrecursorContrastMatrix() : MRMScoring
• initializeMIPrecursorMatrices() : MRMScoring
• initializeMIPrecursorMatrix() : MRMScoring
• initializeModificationsDB() : ModificationsDB
• initializeXCorrContrastMatrix() : MRMScoring
• initializeXCorrMatrix() : MRMScoring
• initializeXCorrPrecursorCombinedMatrix() : MRMScoring
• initializeXCorrPrecursorContrastMatrix() : MRMScoring
• initializeXCorrPrecursorMatrices() : MRMScoring
• initializeXCorrPrecursorMatrix() : MRMScoring
• initMetaValue() : MRMFeatureFilter
• initModificationMassesNA() : NuXLModificationsGenerator
• initModificationTables_() : FragmentIndex
• initPlots() : PosteriorErrorProbabilityModel
• initRange() : MRMFeatureFilter
• initResidueMassTable_() : FragmentIndex
• initResidues_() : ResidueDB
• initScoreTermCaches_() : MzIdentMLDOMHandler
• initvec() : Chromatogram, Spectrum, OSChromatogram, OSSpectrum
• INIUpdater() : INIUpdater
• inletTypeToString() : IonSource
• InMemoryDataProvider() : InMemoryDataProvider
• InMemoryDigestionEnzymeDataProvider() : InMemoryDigestionEnzymeDataProvider< EnzymeType >
• InMemoryRibonucleotideDataProvider() : InMemoryRibonucleotideDataProvider
• InMSLevelRange() : InMSLevelRange< SpectrumType >
• InMzRange() : InMzRange< PeakType >
• innerStride() : Matrix< Value >
• InPrecursorMZRange() : InPrecursorMZRange< SpectrumType >
• InputFile() : InputFile
• inputFileReadable_() : TOPPBase
• InputLine() : FuzzyStringComparator::InputLine
• inputs() : LevMarqFitter1D::GenericFunctor, TraceFitter::GenericFunctor
• InRTRange() : InRTRange< SpectrumType >
• insert() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, HashGrid< Cluster >, IDDataContainer< Value, Key, Prefix, KeyMembers >, IDSequencedContainer< Value, Key, KeyMember >, IsotopeDistribution, LogStream, Mobilogram, Param, Param::ParamNode
• insertCalibrationPoint() : CalibrationData
• insertHit() : PeptideIdentification, ProteinIdentification
• insertIndistinguishableProteins() : ProteinIdentification
• insertIntoMultiIndex_() : IdentificationData
• insertPair() : ROCCurve
• insertProteinGroup() : ProteinIdentification
• insertProteinIDs_() : IDMergerAlgorithm
• insertResidueAndAssociateWithResidueSet_() : ResidueDB
• insertRuns() : IDMergerAlgorithm
• InspectInfile() : InspectInfile
• InspectOutfile() : InspectOutfile
• Instrument() : Instrument
• InstrumentSettings() : InstrumentSettings
• InsufficientInput() : ClusterFunctor::InsufficientInput
• integerDataType() : ProteinGroupSchema
• IntegerMassDecomposer() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• integrate_() : GaussFilterAlgorithm
• integratePeak() : PeakIntegrator
• integratePeak_() : PeakIntegrator
• integratePeaks_() : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• intensitiesType() : QPXFeatureSchema
• intensity() : KDTreeFeatureMaps
• intensityFilterPassed_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• IntensityIteratorWrapper() : IntensityIteratorWrapper< IteratorT >
• intensityLess_() : MetaboTargetedAssay
• intensityScore_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• InternalCalibration() : InternalCalibration
• InternalToolError() : InternalToolError
• InterpolationModel() : InterpolationModel
• Interpretation() : Interpretation
• interpretRetentionTime_() : TransitionTSVFile
• intersection_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• intersects() : DBoundingBox< D >, DRange< D >, MSImagingRegion
• intersects_with() : _Region< __K, _Val, _SubVal, _Acc, _Cmp >
• InvalidFileType() : InvalidFileType
• InvalidIterator() : InvalidIterator
• InvalidParameter() : InvalidParameter
• InvalidRange() : InvalidRange
• invalidSample() : QuantificationUnits
• InvalidSize() : InvalidSize
• InvalidValue() : InvalidValue
• invert() : TransformationDescription, TransformationModelLinear
• invertedTransformation_() : MRMFeatureFinderScoring
• IOException() : IOException
• IonDetector() : IonDetector
• IonImage() : IonImage
• ionIndex() : PeptDeepMS2Inference
• ionizationMethodToString() : IonSource
• IonMobilityScoring() : IonMobilityScoring
• ionSeriesToChar() : MzPAF
• IonSource() : IonSource
• iRpropPlus() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• isActive() : ChargePair, DataFilters, OpenSwathOSWWriter
• isAmbiguous() : AA, Ribonucleotide, RibonucleotideEntry
• isASCII() : StringManager
• isAvailable() : S3InputSource
• isBetterScore() : ScoreType
• isBlacklisted_() : MultiplexResolverAlgorithm
• isBool() : Param::ParamEntry
• isBuild() : FragmentIndex
• isBuiltFrom() : FragmentIndex
• isCharged() : EmpiricalFormula
• isChemicalLabel() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• isChildOf() : ControlledVocabulary
• isCompatible() : AdductInfo, BinnedSpectrum, ModificationDefinitionsSet
• isConflicting() : Compomer
• isContained() : BaseModel
• isDecalibrated_() : InternalCalibration
• isDecoy() : DeconvolvedSpectrum, OSWPeptidePrecursor, OSWTransition, PeptideHit, ProteinHit
• isDefinition() : ModificationDefinitionIO
• isDetectingTransition() : ReactionMonitoringTransition, LightTransition
• isDIAExtractionPPM() : DIAScoring
• isDirectory() : File
• isDirectoryType() : FileTypes
• isElectronActivated_() : ProSEAlgorithm
• isEmpty() : DataValue, DBoundingBox< D >, EmpiricalFormula, DIntervalBase< D >, ParamValue, RangeBase
• isEmpty_() : OMSFileLoad
• isEmptyPseudoID_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• IsEmptySpectrum() : IsEmptySpectrum< SpectrumType >
• isEnd_() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• isEnz_() : PercolatorInfile
• isEqual() : SwathMap
• isExperimentCached() : SimpleOpenMSSpectraFactory
• isExperimentOfInterest_() : PepXMLFile
• isFeatureOnly() : SiriusExportAlgorithm
• isFixedModification() : ModificationDefinition
• isForeign() : MultiplexResolverAlgorithm
• isFractionated() : ExperimentalDesign
• isHigherBetter() : Scores
• isHigherBetterScore() : ControlledVocabulary::CVTerm
• isHigherScoreBetter() : PeptideIdentification, ProteinIdentification
• isIdentifyingTransition() : ReactionMonitoringTransition, LightTransition
• isIMFrame() : MSExperiment
• isInCache_() : LogStreamBuf
• IsInCollisionEnergyRange() : IsInCollisionEnergyRange< SpectrumType >
• isInf() : MzTabDouble, MzTabInteger
• IsInIsolationWindow() : IsInIsolationWindow< SpectrumType >
• IsInIsolationWindowSizeRange() : IsInIsolationWindowSizeRange< SpectrumType >
• isInPackage() : SplinePackage
• isInResidueSet() : Residue
• isInstantiated() : ModificationsDB
• isInSwath_() : MRMAssay
• isInternallyConsistent() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• isIntersected() : DRange< D >
• isInvalid() : Index, QTCluster
• isKnownScoreType() : Scores
• isLabeledExperiment() : QCBase
• isLegacySpsLabel_() : ThermoRawFileMetadata
• isLegalIsotopePattern_() : FeatureFindingMetabo
• isLoadableAuxArray() : ImzMLSpectrumRules
• isMapConsistent() : ConsensusMap
• isMappingConsistent_() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• isMatch_() : IDMapper
• isMergeableWith() : CometModification
• isMetaEmpty() : MetaInfoInterface
• isModernSpsLabel_() : ThermoRawFileMetadata
• isModified() : AASequence, Residue, Ribonucleotide
• isMzPAFFormat() : MzPAF
• isMzPeak() : MzPeakFile
• isNaN() : MzTabDouble, MzTabInteger
• isNativeID() : SpectrumLookup, SpectrumNativeIDParser
• isNeighborPeptide() : NeighborSeq
• isNeighborSpectrum() : NeighborSeq
• isNoMasstraceInfoIsotopePattern() : SiriusExportAlgorithm
• isNonEmptyCell() : ClusteringGrid
• isNovoHit_() : DBSuitability
• isNull() : Date, DateTime, MzTabBoolean, MzTabDouble, MzTabDoubleList, MzTabInteger, MzTabIntegerList, MzTabModification, MzTabModificationList, MzTabParameter, MzTabParameterList, MzTabSpectraRef, MzTabString, MzTabStringList, OpenSwathOSWWriter::OSWValue
• IsobaricChannelExtractor() : IsobaricChannelExtractor
• IsobaricChannelInformation() : IsobaricQuantitationMethod::IsobaricChannelInformation
• IsobaricNormalizer() : IsobaricNormalizer
• IsobaricQuantifier() : IsobaricQuantifier
• IsobaricQuantifierStatistics() : IsobaricQuantifierStatistics
• IsobaricQuantitationMethod() : IsobaricQuantitationMethod
• isolationWindowCenter() : PrecursorPurity
• isOneTableFile_() : ExperimentalDesignFile
• isoPeakMeans() : OPXLHelper
• isOpen() : Bzip2Ifstream, GzipIfstream, OnDiscImzMLExperiment, ZipIfstream
• isOpenMPEnabled() : OpenMSBuildInfo
• isOpenMSDataPath_() : File
• isOpenSearchMode() : FragmentIndex
• isOpenSearchMode_() : FragmentIndex, ProSEAlgorithm
• IsoSpecOrderedGeneratorWrapper() : IsoSpecOrderedGeneratorWrapper
• IsoSpecThresholdGeneratorWrapper() : IsoSpecThresholdGeneratorWrapper
• IsoSpecThresholdWrapper() : IsoSpecThresholdWrapper
• IsoSpecTotalProbGeneratorWrapper() : IsoSpecTotalProbGeneratorWrapper
• IsoSpecTotalProbWrapper() : IsoSpecTotalProbWrapper
• IsotopeCluster() : IsotopeCluster
• IsotopeDistribution() : IsotopeDistribution
• IsotopeFitter1D() : IsotopeFitter1D
• isotopeKL() : CoIsolationDetector
• IsotopeLabelingMDVs() : IsotopeLabelingMDVs
• IsotopeModel() : IsotopeModel
• IsotopePattern() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::IsotopePattern
• IsotopePatternGenerator() : IsotopePatternGenerator
• isotopeScore_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• isotopicCorrection() : IsotopeLabelingMDVs
• isotopicCorrections() : IsotopeLabelingMDVs
• isPackageInstalled() : PythonInfo
• isPeakAcceptable_() : MassTraceDetection
• isPeakGroupInExcludedMassForDecoyRuns_() : SpectralDeconvolution
• isPEFFFile() : PEFFFile
• isPeptide() : TransitionTSVFile::TSVTransition, LightCompound
• isPeptideFragmentIon() : MzPAF
• isPeptideMassMode() : FragmentIndex
• isPositive() : PeakGroup
• isPrecursorImSet() : LightTransition
• isPrefix() : PeptideIndexing
• isProductChargeStateSet() : ReactionMonitoringTransition, LightTransition
• isProteinCTerminal() : NuXLSiteLocalization
• isProteinNTerminal() : NuXLSiteLocalization
• isProteinNTerminal_() : FragmentIndex
• isPseudoID_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• isQuantifyable_() : MSstatsFile
• isQuantifyingTransition() : ReactionMonitoringTransition, LightTransition
• isRepresentableAsAASequence() : ProForma
• isReservedByOther_() : MultiplexResolverAlgorithm
• isRTset() : RetentionTime
• isRunnable() : QCBase
• isRunning() : StopWatch
• isS3URI() : S3InputSource
• isSameHandle() : MapAlignmentEvaluationAlgorithm
• isSameProtein_() : XFDRAlgorithm
• isScoreType() : IDScoreSwitcherAlgorithm, Scores
• isScoreTypeHigherBetter() : IDScoreSwitcherAlgorithm
• isSeedPseudoHit_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• isSemanticallyValid() : MzDataFile, MzIdentMLFile, MzMLFile, TraMLFile
• isSet() : OSWIndexTrace
• isShortXL() : NuXLFDR
• isSingleAdduct() : Compomer
• isSorted() : Mobilogram, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum
• isSortedByIM() : MSSpectrum
• isSortedByRT() : IMSExperimentRandomAccess, OnDiscMSExperiment
• isSRM() : ThermoRawFileMetadata
• isSubsampledSpectrum_() : SwathQC
• isSubsetOf_() : MSstatsFile
• isSuperSetOf() : FlagSet< ENUM >
• isSupported() : FileHandler, MzPeakFile, ParamCWLFile
• isTargeted() : PeakGroup
• isTargetPeptide_() : Ms2IdentificationRate
• isToleranceSupported() : Deisotoper
• isTraceValid_() : MassTraceDetection
• isTrained() : FragmentIonLikelihoodModel, MZTrafoModel
• isTrainingDecoy() : PercolatorReset
• isTTY() : Colorizer
• isUnmodified() : OpenSearchModificationAnalysis
• isURL() : HTTPInputSource
• isUserDefined() : ResidueModification
• isValid() : MQExporterHelper, AA, ClusterProxyKD, Date, DateTime, FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace, FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces, Gradient, ImzMLFile, Index, XMLFile, MzIdentMLFile, MzMLFile, MzPAFAnnotation, Param::ParamEntry, PeakIndex, UniqueIdInterface, USI, XMLValidator
• isValid_() : ExperimentalDesign
• isValidDate() : Date
• isValidForPeptide() : AA
• isValidModel() : MZTrafoModel
• isValidPrecursor_() : IsobaricChannelExtractor
• isValidProduct() : EnzymaticDigestion, ProteaseDigestion
• isValidProduct_() : EnzymaticDigestion
• isValidUSI() : USI
• isValidWindow_() : CalibrationWorkflow
• isVariable() : PepXMLFile::AminoAcidModification
• IsZoomSpectrum() : IsZoomSpectrum< SpectrumType >
• iterateAllChildren() : ControlledVocabulary
• Iterator() : AASequence::Iterator, HashGrid< Cluster >::Iterator, NASequence::Iterator
• IteratorWrapper() : IteratorWrapper< Iterator >
• ItraqEightPlexQuantitationMethod() : ItraqEightPlexQuantitationMethod
• ItraqFourPlexQuantitationMethod() : ItraqFourPlexQuantitationMethod