Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- f -

• F : ImmoniumIonsInPeptide
• f : Base64::Reinterpreter32_, Base64::Reinterpreter64_
• f_ : FASTAContainer< TFI_File >
• f_options_ : FileHandler
• fa_entries : NuXLScoringScratch
• fa_idx : NuXLScoringScratch
• factor_ : SpectrumCheapDPCorr
• factors : MzTabMStudyVariableMetaData
• failed() : ParquetTableStream
• FailedAPICall() : FailedAPICall
• faims_cv : DIAQCMetrics::SpectrumRecord, DIAQCMetrics::WindowMetrics, FAIMSSwathMapGroup
• faims_cvs : FileInfo::PeakInfo
• faims_merge_features_ : Biosaur2Algorithm
• fall : TIC::Result
• fallback_reason : ProSEAlgorithm::ProteinMapping_
• false_discovery_rate : MzTabMetaData
• FalseDiscoveryRate() : FalseDiscoveryRate
• fas : NuXLIndexedAdductList
• fasta : FileInfo::Result
• FASTA : FileTypes
• FASTAContainer() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• FASTAEntry() : FASTAFile::FASTAEntry
• FASTAFile() : FASTAFile
• fatal_streams_ : LogConfigHandler
• fatalError() : XMLHandler
• fdr_applied : ProSEAlgorithm::RunStatistics
• fdr_protein_ : ProSEAlgorithm
• fdr_protein_inference_psm_ : ProSEAlgorithm
• fdr_psm_ : ProSEAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• fdr_psm_by_scored_charges_ : ProSEAlgorithm
• fdr_threshold : IdentificationSummary::UniqueID
• fdr_xprophet_() : XFDRAlgorithm
• FEASIBLE : LPWrapper
• feasible_adducts : MS2AdductsOfSinglePrecursorAdduct
• feat_finder_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• feat_processing_keys_ : OMSFileStore
• feat_score_ : FeatureHypothesis
• feature : AbsoluteQuantitationStandards::featureConcentration
• Feature() : Feature
• feature : FileInfo::Result, KDTreeFeatureMaps
• FEATURE : OSWHierarchy
• feature : QTCluster::Element, QTCluster::Neighbor
• feature0_charge_ : ChargePair
• feature0_index_ : ChargePair
• feature0_mol_multiplier_ : ChargePair
• feature1_charge_ : ChargePair
• feature1_index_ : ChargePair
• feature1_mol_multiplier_ : ChargePair
• feature_ : FeatureOpenMS, GridFeature
• FEATURE_COLUMN_COUNT : OpenSwathOSWWriter
• feature_compare_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• feature_count : FeatureSummary::Result, OpenSwathPercolatorScoring::ScoreSummary
• FEATURE_COUNTS : QPXPgSchema
• feature_depth_ : UniProtXMLHandler
• feature_distance_ : FeatureGroupingAlgorithmKD, QTClusterFinder
• feature_filter_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• feature_filter_peptides_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• feature_filter_quality_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• FEATURE_GROUPING : DataProcessing
• feature_id : IPFAlignmentRow, IPFPrecursorProbabilityRow, IPFPrecursorRow, IPFResultRow, IPFTransitionRow, OpenSwathExportRow, OpenSwathFeatureScoreRow, OpenSwathOSWParquetReader::PeakGroupFeatureScoresResult, OpenSwathOSWParquetReader::Row, OpenSwathOSWParquetReader::TransitionFeaturesResult, OpenSwathPeptidoformInference::BayesianModelRow, OpenSwathPeptidoformInference::PosteriorRow, OpenSwathTransitionScoreRow
• FEATURE_ID : OSWFeaturePrecursorSchema, OSWFeatureSchema, OSWFeatureTransitionSchema, QPXFeatureSchema, QPXPSMSchema
• feature_id : XIMParquetFile::XIMMobilogram
• FEATURE_ID : XIMSchema
• feature_index_ : GridFeature
• feature_lane_ : MRMFeatureOpenMS
• feature_map_ : FeatureFinderMultiplexAlgorithm, MRMFeature
• feature_maps : FeatureMapping::FeatureMappingInfo
• feature_matrix : PercolatorReset::Input, RescoreInput
• FEATURE_MS1_COLUMN_COUNT : OpenSwathOSWWriter
• feature_ms1_column_names : OpenSwathFeatureScoreTable
• feature_ms1_rows : OpenSwathOSWWriter::OSWData
• feature_ms1_values : OpenSwathFeatureScoreRow
• FEATURE_MS2_COLUMN_COUNT : OpenSwathOSWWriter
• feature_ms2_column_names : OpenSwathFeatureScoreTable
• feature_ms2_rows : OpenSwathOSWWriter::OSWData
• feature_ms2_values : OpenSwathFeatureScoreRow
• feature_name_ : AbsoluteQuantitationMethod
• feature_names : PercolatorModel, PercolatorReset::Input, RescoreInput
• FEATURE_PRECURSOR_COLUMN_COUNT : OpenSwathOSWWriter
• feature_precursor_rows : OpenSwathOSWWriter::OSWData
• feature_rows : OpenSwathOSWWriter::OSWData
• feature_rt : XIMParquetFile::XIMMobilogram
• FEATURE_RT : XIMSchema
• FEATURE_TRANSITION_COLUMN_COUNT : OpenSwathOSWWriter
• feature_transition_column_names : OpenSwathTransitionScoreTable
• feature_transition_rows : OpenSwathOSWWriter::OSWData
• feature_transition_values : OpenSwathTransitionScoreRow
• FeatureBoundsMap : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• featureCount() : RescoreInput
• featureCountsType() : QPXPgSchema
• FeatureDeconvolution() : FeatureDeconvolution
• FeatureDistance() : FeatureDistance
• FeatureFileOptions() : FeatureFileOptions
• FeatureFinderAlgorithm() : FeatureFinderAlgorithm
• FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• FeatureFinderAlgorithmPicked() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• FeatureFinderIdentificationAlgorithm() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• FeatureFinderMetaboIdentCompound() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent::FeatureFinderMetaboIdentCompound
• FeatureFinderMultiplexAlgorithm() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• FeatureFindingMetabo() : FeatureFindingMetabo
• FeatureGroup : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• FeatureGroupingAlgorithm() : FeatureGroupingAlgorithm
• FeatureGroupingAlgorithmKD() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• FeatureGroupingAlgorithmLabeled() : FeatureGroupingAlgorithmLabeled
• FeatureGroupingAlgorithmQT() : FeatureGroupingAlgorithmQT
• FeatureGroupingAlgorithmUnlabeled() : FeatureGroupingAlgorithmUnlabeled
• FeatureGroupingAlgorithmWNet() : FeatureGroupingAlgorithmWNet
• FeatureHandle() : FeatureHandle
• FeatureHandleMutable_() : FeatureHandle::FeatureHandleMutable_
• FeatureHypothesis() : FeatureHypothesis
• FeatureKDTree : KDTreeFeatureMaps
• FeatureListType : MRMFeature
• FeatureMap() : FeatureMap
• FeatureMS1Row : OpenSwathOSWWriter
• FeatureMS2Row : OpenSwathOSWWriter
• featureNames() : PeptDeepRescoring
• FeatureOpenMS() : FeatureOpenMS
• FEATUREPARQUET : FileTypes
• FeaturePrecursorRow : OpenSwathOSWWriter
• FeatureRow : OpenSwathOSWWriter
• features : MSstatsFile::AggregatedConsensusInfo, PercolatorReset::Input, PickerPoolShared, RescoreInput, UniProtEntry
• features_ : FeatureFinderAlgorithm, FeatureFinderAlgorithmPicked, KDTreeFeatureMaps, MRMFeature, OSWPeptidePrecursor
• FeatureSummary() : FeatureSummary
• FeatureTransitionRow : OpenSwathOSWWriter
• FeatureType : ConsensusMap, MRMScoring
• FeatureType_ : ILPDCWrapper
• FEATUREXML : FileTypes
• FeatureXMLFile() : FeatureXMLFile
• FeatureXMLHandler() : FeatureXMLHandler
• fetchPeakGroupFeatures() : OpenSwathOSWParquetReader
• fetchSpectrumSwath() : OpenSwathScoring
• fetchTransitionFeatures() : OpenSwathOSWParquetReader
• fetchUnscoredData() : OpenSwathOSWParquetReader
• fi_fragments_ : FragmentIndex
• fi_peptides_ : FragmentIndex
• FIAMSDataProcessor() : FIAMSDataProcessor
• FIAMSScheduler() : FIAMSScheduler
• fid : SiriusMSFile::CompoundInfo
• FidHandler() : FidHandler
• field : DataFilters::DataFilter
• field_names : PEFFCustomKeyDef
• field_types : PEFFCustomKeyDef
• fields : ParquetColumn::StructField
• fields_ : Date, DateTime
• FILE : StreamHandler
• file_ : MQEvidence, MQMsms, Bzip2Ifstream, BaseException, GlobalExceptionHandler, HDF5Connector, XMLHandler
• file_current_index_ : Bzip2InputStream, GzipInputStream, ZipInputStream
• file_index : ProSEAlgorithm::ReuseRun_, SiriusMSFile::CompoundInfo
• file_level_psm_counts : PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• file_name : FileInfo::FileMeta, QPXDatasetExport::Run
• FILE_ORIGIN : IDRipper
• file_origin_idx : IDRipper::RipFileIdentifier
• file_origin_to_idx_ : IDMergerAlgorithm
• file_path_ : CompressedInputSource, DocumentIdentifier
• file_result_consumer_ : ProSEAlgorithm
• file_sha1 : DIAQCMetrics::RunMetrics
• file_size_ : SourceFile
• file_stream_ : CSVWriter
• file_type : FileInfo::FileMeta
• file_type_ : DocumentIdentifier, SourceFile
• file_type_name : FileInfo::FileMeta
• FileEmpty() : FileEmpty
• FileInfo() : FileInfo
• fileList() : File
• filename() : ParquetTableStream, ConsensusMap::ColumnHeader, FileInfo::FeatureInfo::MapColumn, OpenSwathExportRow, OpenSwathFeatureScoreRow, OpenSwathOSWParquetReader::UnscoredResult
• FILENAME : OSWRunSchema
• filename_ : MQEvidence, MQMsms, CachedmzML, EnzymeXMLDataProvider< EnzymeType >, FASTAContainer< TFI_File >, FASTAFile, FIAMSScheduler, IndexedMzMLHandler, MzMLSqliteHandler, MzMLSqliteSwathHandler, ModomicsJSONDataProvider, MSDataSqlConsumer, MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream, OBODataProvider, OnDiscMSExperiment, OSWFile, RibonucleotideTSVDataProvider, UnimodXMLDataProvider, XICParquetFile, XIMParquetFile, XIPMParquetFile, XMLValidator
• filename_cached_ : CachedmzML
• filenames_ : TempFiles::Registry_, XICParquetFile, XIMParquetFile, XIPMParquetFile
• FileNameTooLong() : FileNameTooLong
• FileNotFound() : FileNotFound
• FileNotReadable() : FileNotReadable
• FileNotWritable() : FileNotWritable
• fileParamValidityCheck_() : TOPPBase
• FileProperties : FileTypes
• FileResultConsumer : ProSEAlgorithm
• fileSize() : File
• fileSize_ : FASTAFile, PEFFFile
• filestream_ : IndexedMzMLHandler
• FileTypeList() : FileTypeList
• fill() : Matrix< Value >
• fill_data_ : PeakFileOptions
• fillCalibrants() : InternalCalibration
• fillChromatogramData_() : MzMLHandler
• fillData_() : MzDataHandler
• fillDensities() : PosteriorErrorProbabilityModel
• filled_ : IDMergerAlgorithm
• fillEvidenceMapping_() : ProteinIdentification
• fillExtendedResidueTable_() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• fillFromInputLine() : FuzzyStringComparator::StreamElement_
• fillGaps_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• fillID_() : InternalCalibration
• fillIDs_() : InternalCalibration
• fillIndistinguishableGroupsWithSingletons() : ProteinIdentification
• fillInputVector_() : IsobaricIsotopeCorrector
• fillIntensities() : BaseModel
• fillIntensity() : BaseModel
• fillLabelMasterList_() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• fillLogDensities() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fillLogDensitiesGumbel() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fillModMapping_() : ProteinIdentification
• fillPeptideScoreMap_() : IDScoreGetterSetter
• fillPINCompatibleFields() : Percolator
• fillSettings() : ThermoRawScanReader
• fillVectorsOfMessagePassers() : MessagePasserFactory< Label >
• filter() : FeatureOverlapFilter, GaussFilter, GaussFilterAlgorithm, ThermoScan, ModifiedSincSmoother, MorphologicalFilter, MultiplexFilteringCentroided, MultiplexFilteringProfile, ParquetFilterBuilder, RNADeisotoper, SavitzkyGolayFilter, TransitionListEvidenceFilter
• filter_ : ParquetFilterBuilder
• filterAveragineModel_() : MultiplexFiltering, MultiplexFilteringProfile
• filterBasedOnMolFormAdductOccurrence_() : MetaboTargetedAssay
• filterBasedOnTotalOccurrence_() : MetaboTargetedAssay
• filterBlacklistedIons_() : NucleicAcidSearchEngine
• filterByBasenames() : ExperimentalDesign
• filterByCalibration_() : Biosaur2Algorithm
• filterByDrift() : ISpectrumAccess
• filterByMissedCleavages() : EnzymaticDigestion
• filterByPeakWidth() : ElutionPeakDetection
• filterCCs_() : MapAlignmentAlgorithmKD
• filtered_peaks_ : MultiplexFiltering
• filtered_targets : TransitionListEvidenceFilter::Result
• filterExperiment() : GaussFilter, ModifiedSincSmoother, MorphologicalFilter, SavitzkyGolayFilter
• FilterFeatureMap() : MRMFeatureFilter
• FilterFeatureMapBackgroundInterference() : MRMFeatureFilter
• FilterFeatureMapPercRSD() : MRMFeatureFilter
• filterFeatures_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• filterFeaturesByFAIMSCV() : FAIMSHelper
• filterGroupsByScore() : IDFilter
• filterHitsByRank() : IDFilter
• filterHitsByScore() : IDFilter
• FILTERING : DataProcessing
• filterKey() : ThermoRawFileMetadata
• filterLocalPeaks_() : ProSEAlgorithm
• filterLowPeaks_() : FLASHDeconvAlgorithm
• filterMassBins_() : SpectralDeconvolution
• filterMinMaxTransitionsCompound() : MRMAssay
• filterObservationMatchesByScore() : IDFilter
• FilterOperation : DataFilters
• filterPeakIntensities_() : PeakPickerMobilogram
• filterPeakMap() : NLargest, Normalizer, RankScaler, SqrtScaler, ThresholdMower, WindowMower
• filterPeakPositions_() : MultiplexFiltering
• filterPeakSpectrum() : NLargest, Normalizer, RankScaler, SqrtScaler, ThresholdMower, WindowMower
• filterPeakSpectrumForTopNInJumpingWindow() : WindowMower
• filterPeakSpectrumForTopNInSlidingWindow() : WindowMower
• filterPeptideCorrelation_() : MultiplexFiltering, MultiplexFilteringProfile
• filterPeptideEvidences() : IDFilter::DigestionFilter
• FilterPeptideEvidences() : IDFilter
• filterPeptideEvidences() : IDFilter
• filterPeptidesByCharge() : IDFilter
• filterPeptidesByFAIMSCV() : FAIMSHelper
• filterPeptidesByLength() : IDFilter
• filterPeptidesByMZ() : IDFilter
• filterPeptidesByMZError() : IDFilter
• filterPeptidesByRT() : IDFilter
• filterPeptidesByRTPredictPValue() : IDFilter
• filterPeptideSequences() : IDFilter::PeptideDigestionFilter
• filterPrecursorsByTags() : OPXLHelper
• filterRange() : MorphologicalFilter
• filters : OpenSwathMatrixExportConfig, OpenSwathParquetExportConfig, OpenSwathResultsExportConfig
• filters_ : DataFilters, ThermoRawFileMetadata
• filterSpectrum() : NLargest, Normalizer, RankScaler, SqrtScaler, ThresholdMower
• filterSpectrum_() : MultiplexFiltering
• filterTopPeak() : PeakPickerMobilogram
• filterTopPeak_() : PeakPickerMobilogram
• FilterType : DataFilters
• filterUnreferencedDecoysCompound() : MRMAssay
• final_MS_exponent_ : MassAnalyzer
• finalize() : FragmentIonLikelihoodModel, MobilogramParquetConsumer, MSChromatogramParquetConsumer, NuXLFragmentAdductRegistry, NuXLIonLikelihood, XIPMParquetConsumer
• finalizeCluster() : QTCluster
• finalized_ : FragmentIonLikelihoodModel, QTCluster
• find() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, File, IDDataContainer< Value, Key, Prefix, KeyMembers >, IDSequencedContainer< Value, Key, KeyMember >::ConstOrderedView, IDSequencedContainer< Value, Key, KeyMember >, ThermoTrailerIndex, ProSEAlgorithm::ProteinMapping_
• find_() : MetaInfo
• find_exact() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• find_nearest() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• find_nearest_if() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• find_within_range() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• findable_multiple_neighbors : NeighborSeq::NeighborStats
• findable_no_neighbors : NeighborSeq::NeighborStats
• findable_one_neighbor : NeighborSeq::NeighborStats
• findBestIsotopeFit_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• findBestPeak_() : MassTraceDetection
• findBestPrecursorPeakGroup_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findByIndex() : SpectrumLookup
• findByNativeID() : SpectrumLookup
• findByReference() : SpectrumLookup
• findByRegExpMatch_() : SpectrumLookup
• findByRT() : SpectrumLookup
• findByScanNumber() : SpectrumLookup
• findCandidatePositions_() : NeighborSeq
• findChildBFS_() : ACTrie
• findChildNaive_() : ACTrie
• findClosestPeak_() : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• findCommonMetaKeys() : MetaInfoInterfaceUtils
• findComponentFeature_() : AbsoluteQuantitationStandards
• findConnectedComponent() : PeptideProteinResolution
• findDatabase() : SystemSettings
• findDecoyString() : DecoyHelper, FalseDiscoveryRate::DecoyStringHelper
• findDoc() : File
• findEntry() : Param::ParamNode
• findEntry_() : TOPPBase
• findEntryRecursive() : Param::ParamNode
• findEnzyme_() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• findex_ : PeakGroup
• findExecutable() : File
• findExecutable_() : TOPPBase, TOPPExternalToolBase
• findFeaturesAndUpdateQscore2D() : MassFeatureTrace
• findFirst() : Param
• findFirstRT() : IMSExperimentRandomAccess
• findFixedAndTermResidues_() : MRMDecoy
• findFixedResidues() : MRMDecoy
• findFixedResidues_() : MRMDecoy
• findHighestInWindow() : Mobilogram, MSSpectrum
• findHighestPeak_() : PeakPickerMobilogram
• findHit() : ProteinIdentification
• findIDTypeByName() : Scores
• findIndexListOffset() : IndexedMzMLDecoder
• findIsotope_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• findLargestPeak() : MRMTransitionGroupPicker
• findLargestPeakCached_() : MRMTransitionGroupPicker
• findLocalExtrema() : ElutionPeakDetection
• findLocalFeatures_() : FeatureFindingMetabo
• findMatches() : ModificationDefinitionsSet
• findMatchingPattern_() : MultiplexResolverAlgorithm
• findMaxByIntPeak() : MassTrace
• findModificationIndex() : ModificationsDB
• findNearest() : FragmentIonLikelihoodModel::PeakLists, Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum, MZTrafoModel
• findNearestNeighbour_() : GridBasedClustering< Metric >
• findNewMZ_() : MultiplexResolverAlgorithm
• findNext() : Param
• findNode() : Param::ParamNode
• findPackage_() : SplineInterpolatedPeaks::Navigator
• findParentOf() : Param::ParamNode
• findPeaksInHistogram_() : OpenSearchModificationAnalysis
• findPeptide() : TransitionHelper
• findPosAtPeakHeightPercent_() : PeakIntegrator
• findPrecursorAdduct() : NuXLModificationMassesResult
• findPrecursorPeakGroupsFormIdaLog_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findPrecursorPeakGroupsForMSnSpectra_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findPrecursorScanNumber_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findProteinIdentification() : ConsensusMap, FeatureMap
• findR() : RWrapper
• findReferenceChannel_() : IsobaricNormalizer
• findScanNumberBounds_() : FLASHDeconvAlgorithm
• findScoreType() : IdentificationData, IDScoreSwitcherAlgorithm
• findScript() : RWrapper
• findSearchParameters_() : MzIdentMLDOMHandler
• findSiblingTOPPExecutable() : File
• findSingleEntry() : ZipArchiveFile
• findStream_() : LogStream
• findSwathMapsPasef() : SwathMapMassCorrection
• findTerm_() : ControlledVocabulary
• findThirdPartyExecutable() : TOPPExternalToolBase
• findTopUniqueHits_() : XFDRAlgorithm
• findWidestPeakIndices() : MRMTransitionGroupPicker
• FineIsotopePatternGenerator() : FineIsotopePatternGenerator
• finishArray() : ParquetFile
• finishDeferredRescoring_() : ProSEAlgorithm
• first : FragmentIndex::CandidateBlock_, FragmentIndex::Peptide::Span, MultiplexFiltering::BlacklistOwner, MultiplexFiltering::BlacklistOwnerRecord, ProbablePhosphoSites, TransformationModel::DataPoint
• first_ : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param
• first_child : ACNode
• first_column_ : FuzzyStringComparator
• first_name : FileInfo::ExperimentMeta::Contact
• first_name_ : ContactPerson
• first_row_ : NeedlemanWunsch
• first_run_inference_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• first_scan : Biosaur2Algorithm::FastHillEntry
• first_seen_ : ThermoRawFileMetadata
• first_value : MultiplexFiltering::BlacklistOwnerRecord
• firstScan() : ThermoRawScanReader
• fit() : EGHTraceFitter, GaussTraceFitter, GammaDistributionFitter, GaussFitter, GumbelDistributionFitter, PosteriorErrorProbabilityModel, ProSEAlgorithm::MzRecalibration_, TraceFitter
• fit1d() : BiGaussFitter1D, EmgFitter1D, ExtendedIsotopeFitter1D, Fitter1D, GaussFitter1D, IsotopeFitter1D
• fit_data_ : MapAlignmentAlgorithmKD
• fit_EMG_ : PeakIntegrator
• FIT_META_VALUES : ConsensusElutionWidth
• fit_smoothing_spline() : BSplineSmoothingSpline
• fit_type_ : BSplineSmoothingSpline
• fit_weights_ : ModifiedSincSmoother
• fitAndValidateModel_() : ElutionModelFitter
• fitCalibration() : AbsoluteQuantitation
• fitElutionModels() : ElutionModelFitter
• fitEMGPeakModel() : EmgGradientDescent
• fitGumbelGauss() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fitIsotonic_() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fitLOWESS() : MapAlignmentAlgorithmKD
• fitMixture_() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fitModel() : TransformationDescription
• fitOffset_() : MaxLikeliFitter1D
• fitRT_() : EmgScoring
• fitTargetDecoy() : PosteriorErrorProbabilityModel
• fitTargetDecoyModel_() : PosteriorErrorProbabilityModel
• Fitter1D() : Fitter1D
• fitter_emg1D_params_ : EmgScoring
• FitType : BSplineSmoothingSpline
• fitWeighted() : GumbelDistributionFitter, GumbelMaxLikelihoodFitter
• FIVE_PRIME : Ribonucleotide
• five_prime_ : NASequence
• five_prime_gain_ : DigestionEnzymeRNA, RNaseDigestion
• FivePrime : NASequence
• FIXED : LPWrapper
• fixed_cterm_delta_ : FragmentIndex
• fixed_cterm_mod_ptr_ : FragmentIndex
• fixed_enzyme_termini : ProSEAlgorithm::PercolatorTraining
• fixed_identifier_ : IDMergerAlgorithm
• fixed_mod : MzIdentMLDOMHandler::ModificationParam, MzTabMetaData
• fixed_mod_deltas_ : FragmentIndex
• fixed_mod_ptrs_ : FragmentIndex
• fixed_mod_residues_ : FragmentIndex
• fixed_modification_ : ModificationDefinition
• fixed_modifications : OpenSwathLibraryPreparation::PredictedLibraryParameters, ProteinIdentification::SearchParameters, QPXDatasetExport::Run
• FIXED_MODIFICATIONS : SearchParamsSchema
• fixed_modifications_ : PepXMLFile, PepXMLFileMascot
• fixed_mods : DBSearchParam, ProSEAlgorithm::SharedSearchStats
• fixed_mods_ : ModificationDefinitionsSet, MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• fixed_nterm_delta_ : FragmentIndex
• fixed_nterm_mod_ptr_ : FragmentIndex
• fixed_residue_masses_ : FragmentIndex
• fixed_sequence_length : PeptDeepInputConfig
• fixedModNames_ : OpenPepXLAlgorithm
• Flag : FeatureFinderDefs
• FLAG : ParameterInformation
• flag_or_filter_ : MRMFeatureFilter
• flagged : PercolatorReset::AuditFeature
• flags : LightTransition
• FlagSet() : FlagSet< ENUM >
• FLASHDeconvAlgorithm() : FLASHDeconvAlgorithm
• flashMassUpperBound_() : NucleicAcidSearchEngine
• flatHierarchy : ParamCWLFile, ParamJSONFile
• float_arrays : FileInfo::PeakInfo
• FLOAT_DATA : ProteinGroupSchema
• float_data_arrays_ : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum, ProteinIdentification::ProteinGroup
• float_lists : ParquetColumn
• FloatDataArray : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum, ProteinIdentification::ProteinGroup
• FloatDataArrays : FeatureFinderAlgorithmPicked, Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum, ProteinIdentification::ProteinGroup
• floatDataType() : ProteinGroupSchema
• FLOATINDICES : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• floats_32 : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• floats_64 : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• FLR : ProteinModificationSummary::Statistics
• flush() : IChromatogramsWriter, ISpectraWriter, LogStream, MSDataSqlConsumer
• flush_after_ : MSDataSqlConsumer
• flushIncomplete() : LogStream
• flushIntegrality_() : LPWrapper
• flux_ : HPLC
• fmz : SiriusMSFile::CompoundInfo
• fold : Percolator::CappedTrainingInfo
• follow_() : ACTrie
• followParent_() : LogStream
• followScout_() : ACTrie
• followUpScan : IsobaricChannelExtractor::PurityState_
• followUpValid() : IsobaricChannelExtractor::PurityState_
• for_each_base_() : RangeManager< RangeBases >
• force_constraints_ : FeatureDistance
• force_default_mods_ : XTandemInfile
• force_invalid_mods_ : TransitionTSVFile
• force_maxquant_compatibility_ : PeakFileOptions
• force_tpp_compatibility_ : PeakFileOptions
• forced_ms_level_ : FLASHDeconvAlgorithm
• forced_type : FileInfo::Options
• forEachBatch() : ONNXPredictorBase
• forEachPrefixMass_() : FragmentIndex
• forgetRepeatsAfterChange_() : LogStreamBuf
• forgotten_below_ : ThermoRawFileMetadata
• format : ArrowChromatogramExportConfig, ArrowSpectraExportConfig
• Format : DecompressingInputStream
• format : MzTabMMSRunMetaData, MzTabMSRunMetaData, OpenSwathMatrixExportConfig, OpenSwathResultsExportConfig
• FORMAT_CONVERSION : DataProcessing
• FORMAT_LP : LPWrapper
• FORMAT_MPS : LPWrapper
• format_version : PercolatorModel
• formatBlock_() : IdXMLFile
• formatEntry_() : PEFFFile
• formatHeader_() : PEFFFile
• formatNumber() : QPXDatasetExport
• formattedValue() : DimBase
• formula : AccurateMassSearchEngine::MappingEntry_, IdentifiedCompound, MonosaccharideDB::Monosaccharide, MzPAFAnnotation, MzPAFNeutralLoss, NuXLFragmentAdductDefinition, ProForma::AdductIon, SiriusMSFile::CompoundInfo
• formula2mass : NuXLModificationMassesResult
• formula_ : Adduct, EmpiricalFormula, FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent::FeatureFinderMetaboIdentCompound, Residue, ResidueModification, Ribonucleotide
• formula_string : ProForma::FormulaTag
• forRt() : KernelDensityEstimation
• found : MassTraceDetection::PeakCandidate
• found_ : ProForma::ParseError
• found_adduct_ : AccurateMassSearchResult
• found_ccs_ : SpectralMatch
• found_precursor_charge_ : SpectralMatch
• found_precursor_mass_ : SpectralMatch
• FOURPLEX : ItraqConstants
• fptr : BasicProteinInferenceAlgorithm
• fraction : ExperimentalDesign::MSFileSectionEntry, QPXDatasetExport::Run
• fraction_ : MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_
• fraction_group : ExperimentalDesign::MSFileSectionEntry, QuantUnit, MS1LabeledRatioQuantifier::ChannelRatio, PeptideAndProteinQuant::DesignCell
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