Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- t -

• tableExists() : SqliteConnector
• Tagger() : Tagger
• TargetedExperiment() : TargetedExperiment
• targetedMatching() : TargetedSpectraExtractor
• TargetedSpectraExtractor() : TargetedSpectraExtractor
• targetPeptides() : EntrapmentEvaluation
• tdcQValues_() : ProSEAlgorithm
• TempDir() : TempDir
• terminate() : GlobalExceptionHandler
• test() : Bitset
• text() : OpenSwathOSWWriter::OSWValue
• TextFile() : TextFile
• textPos() : ACScout, ACTrieState
• textPosIt() : ACTrieState
• tgtIdx() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• TheoreticalGlycanSpectrumGenerator() : TheoreticalGlycanSpectrumGenerator
• TheoreticalSpectrumGenerator() : TheoreticalSpectrumGenerator
• TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS() : TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• ThermoRawFileMetadata() : ThermoRawFileMetadata
• ThermoRawScanReader() : ThermoRawScanReader
• threadLocalFollower_() : LogStream
• ThresholdMower() : ThresholdMower
• throw_finish_error_() : ParquetFile
• throwIndexOverflow_() : Weights
• throwWindowOutOfRange_() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid::NoiseEstimator
• TIC() : TIC
• ticChromatogram() : ThermoRawScanReader
• ticksToSeconds_() : StopWatch::TimeDiff_
• TMTEighteenPlexQuantitationMethod() : TMTEighteenPlexQuantitationMethod
• TMTElevenPlexQuantitationMethod() : TMTElevenPlexQuantitationMethod
• TMTSixPlexQuantitationMethod() : TMTSixPlexQuantitationMethod
• TMTSixteenPlexQuantitationMethod() : TMTSixteenPlexQuantitationMethod
• TMTTenPlexQuantitationMethod() : TMTTenPlexQuantitationMethod
• TMTThirtyFivePlexQuantitationMethod() : TMTThirtyFivePlexQuantitationMethod
• TMTThirtyTwoPlexQuantitationMethod() : TMTThirtyTwoPlexQuantitationMethod
• toAASequence() : ProForma
• toAcquisitionMode() : IonDetector
• toActivationMethod() : Precursor
• toAdductString() : Adduct
• toAnalyzerType() : MassAnalyzer
• toBool() : DataValue, ParamValue
• toBracketString() : AASequence
• toCellString() : MzTabBoolean, MzTabDouble, MzTabDoubleList, MzTabInteger, MzTabIntegerList, MzTabModification, MzTabModificationList, MzTabParameter, MzTabParameterList, MzTabSpectraRef, MzTabString, MzTabStringList
• toChar() : AA, DataValue, ParamValue
• toCometString() : CometModification
• today() : Date
• toDefinitionString() : ResidueModification
• toDouble() : StringUtilsHelper
• toDoubleList() : DataValue
• toDoubleVector() : ParamValue
• toExpandedString() : MassDecomposition
• toFASTAEntry() : PEFFEntry
• toFeatureVector_() : PeakGroupScoring
• toFileDialogFilter() : FileTypeList
• toFileURI() : File
• toFloat() : StringUtilsHelper
• toInletType() : IonSource
• toInt32() : StringUtilsHelper
• toInt64() : StringUtilsHelper
• toIntList() : DataValue
• toIntVector() : ParamValue
• toIonizationMethod() : IonSource
• toJSON() : ProForma
• tokenize_() : EnzymaticDigestion
• toLfdrTransform() : MultipleTesting
• toLower() : StringListUtils
• toMap() : EmpiricalFormula
• ToolDescription() : ToolDescription
• ToolDescriptionInternal() : ToolDescriptionInternal
• toolName_() : TOPPBase
• TopDownIsobaricQuantification() : TopDownIsobaricQuantification
• toPeakAnnotation() : MzPAF
• toPi0Method() : MultipleTesting
• toPolarity() : IonSource
• TOPPBase() : TOPPBase, TOPPExternalToolBase
• TOPPExternalToolBase() : TOPPExternalToolBase
• TOPPFLASHDeconv() : TOPPFLASHDeconv
• TOPPGNPSExport() : TOPPGNPSExport
• TOPPOpenSwathBase() : TOPPOpenSwathBase
• toProcessingAction() : DataProcessing
• toProForma() : PEFFFile
• toReflectronState() : MassAnalyzer
• toResolutionMethod() : MassAnalyzer
• toResolutionType() : MassAnalyzer
• toSampleState() : Sample
• toScanDirection() : MassAnalyzer
• toScanLaw() : MassAnalyzer
• toScanMode() : InstrumentSettings
• toScoreTypeEnum() : IDScoreSwitcherAlgorithm
• toSpectrum() : DeconvolvedSpectrum, TheoreticalGlycanSpectrumGenerator
• toSpectrumType() : SpectrumSettings
• toString() : AASequence, ValidationResult, Citation, DataFilters::DataFilter, DataValue, DateTime, EmpiricalFormula, IdentifiedMolecule, MassDecomposition, RANSACParam, MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_, MzPAF, MZTrafoModel, NASequence, ParamValue, ProForma, ProSEAlgorithm::MzRecalibration_, QPXValueValidation::Result, Residue, ResidueModification, StopWatch, USI
• toStringList() : DataValue, ListUtils
• toStringVector() : ParamValue
• total() : NeighborSeq::NeighborStats
• totalMatchedCurrent() : XQuestScores
• totalPeaks() : FragmentIonLikelihoodModel::PeakLists
• toText() : FileInfo
• toTSV() : FileInfo
• toType() : IonDetector
• toUnimodLikeString() : PepXMLFile::AminoAcidModification
• toUniModString() : AASequence
• toUnmodifiedString() : AASequence
• toUpper() : StringListUtils
• toXMLString() : ControlledVocabulary::CVTerm
• TraceExtensionState() : MassTraceDetection::TraceExtensionState
• TraceFitter() : TraceFitter
• TraceInfo() : Param::ParamIterator::TraceInfo
• trackNoise() : FIAMSDataProcessor
• trailer() : ThermoRawFileMetadata
• train() : NuXLRTPrediction, MZTrafoModel, Percolator
• trainingRows() : OpenSwathPercolatorScoring
• trainPSMs() : Percolator
• trainReuseModel_() : ProSEAlgorithm
• TraMLFile() : TraMLFile
• TraMLHandler() : TraMLHandler
• TraMLProduct() : TraMLProduct
• TraMLValidator() : TraMLValidator
• Transaction() : QPXCollectionExport::Transaction
• TransferLLOQAndULOQToCalculatedConcentrationBounds() : MRMFeatureFilter
• transferPeptideDataToProteins_() : PeptideAndProteinQuant
• transferQuota_() : ProSEAlgorithm
• transferSample_() : ProSEAlgorithm
• transferSubelements() : FeatureGroupingAlgorithm
• transform() : MapAlignmentAlgorithmKD, MzMLFile, MzPeakFile, MzXMLFile, SpectraSTSimilarityScore, SqMassFile
• transform_() : IsotopeDistribution
• Transformation_() : IDDecoyProbability::Transformation_
• TransformationDescription() : TransformationDescription
• TransformationModel() : TransformationModel
• TransformationModelBSpline() : TransformationModelBSpline
• TransformationModelInterpolated() : TransformationModelInterpolated
• TransformationModelLinear() : TransformationModelLinear
• TransformationModelLowess() : TransformationModelLowess
• TransformationStatistics() : TransformationDescription::TransformationStatistics
• TransformationXMLFile() : TransformationXMLFile
• transformExperiment() : FileHandler
• transformFirstPass_() : MzMLFile, MzXMLFile
• transformRetentionTimes() : MapAlignmentTransformer
• transformScore_() : PosteriorErrorProbabilityModel
• transitionCount() : OSWData
• TransitionFlags() : TransitionFlags
• TransitionGroupOpenMS() : TransitionGroupOpenMS< SpectrumT, TransitionT >
• TransitionListEvidenceFilter() : TransitionListEvidenceFilter
• TransitionParquetFile() : TransitionParquetFile
• TransitionPQPFile() : TransitionPQPFile
• TransitionTSVFile() : TransitionTSVFile
• translate() : IdentificationData::RefTranslator
• translateIsotopeMatrix() : ItraqConstants
• trapezoidal_area() : FalseDiscoveryRate, ROCCurve
• trapezoidal_area_xEqy() : FalseDiscoveryRate
• treeGuidedAlignment() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• treeSize() : KDTreeFeatureMaps
• tricube_() : LowessSmoothing
• trimHits() : FragmentIndex
• trimIntensities() : IsotopeDistribution
• trimLeft() : IsotopeDistribution
• trimOpenMSfileURI() : MzIdentMLHandler
• trimRight() : IsotopeDistribution
• try_polynomial_fit() : BSplineSmoothingSpline
• tryGetIdentifier() : IdentifierMSRunMapper
• tryGetMonoWeight() : ProForma
• tryGetMZ() : ProForma
• tryGnuplot() : PosteriorErrorProbabilityModel
• tryOnCharactersUTF8() : MzMLHandler, XMLHandler
• tryOnEndElementUTF8() : MzMLHandler, XMLHandler
• tryOnStartElementUTF8() : MzMLHandler, XMLHandler
• tryParse() : MzPAF, USI
• tryParseMultiple() : MzPAF
• TSVToTargetedExperiment_() : TransitionTSVFile
• typesWithProperties() : FileTypeList
• typeToDescription() : FileTypes
• typeToExtensions() : FileTypes
• typeToMZML() : FileTypes
• typeToName() : FileTypes
• typeToString() : IonDetector