Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- s -

• SampleVisualizer() : SampleVisualizer
• sanityCheck_() : TOPPASScene
• saveAll_() : MetaDataBrowser
• saveAsImage() : Plot1DWidget, PlotWidget
• saveCurrentLayer() : PlotCanvas
• saveCurrentPipelineAs() : TOPPASBase
• saveFile() : INIFileEditorWindow
• saveFileAs() : INIFileEditorWindow
• saveIDs_() : SpectraIDViewTab
• saveIfChanged() : TOPPASScene
• SaveImageDialog() : SaveImageDialog
• saveLayerAll() : TOPPViewBase
• saveLayerVisible() : TOPPViewBase
• saveMe() : TOPPASScene
• savePipeline() : TOPPASBase
• savePipelineAs() : TOPPASBase
• savePipelineResourceFile() : TOPPASBase
• savePreferences() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• saveToClipboard() : TOPPASBase
• saveToFile() : LayerStoreData, LayerStoreDataConsensusMapAll, LayerStoreDataConsensusMapVisible, LayerStoreDataFeatureMapAll, LayerStoreDataFeatureMapVisible, LayerStoreDataIdentAll, LayerStoreDataIdentVisible, LayerStoreDataPeakMapAll, LayerStoreDataPeakMapVisible
• scale_() : AxisPainter
• scaledIntensity_() : Plot3DOpenGLCanvas
• scaledInversMZ_() : Plot3DOpenGLCanvas
• scaledInversRT_() : Plot3DOpenGLCanvas
• scaledMZ_() : Plot3DOpenGLCanvas
• scaledRT_() : Plot3DOpenGLCanvas
• ScanWindowVisualizer() : ScanWindowVisualizer
• searchAndShow_() : DIATreeTab, SpectraTreeTab
• selectAll() : Annotations1DContainer
• selected() : ParamTree
• selectionChanged() : ParamTree
• selectionCopied() : TOPPASScene
• selectItemAt() : Annotations1DContainer
• sendClipboardContent() : TOPPASBase
• sendCursorStatus() : PlotCanvas, PlotWidget, TOPPASWidget
• sendStatus() : BaseVisualizerGUI
• sendStatusMessage() : PlotCanvas, PlotWidget, TOPPASWidget
• seqTypeSwitch_() : TheoreticalSpectrumGenerationDialog
• set() : FilterList, RecentFilesMenu, TOPPASVertex::TOPPASFilenames
• set_chromatogram_flag() : LayerDataPeak
• setActionMode() : TOPPASScene
• setAdditionalContextMenu() : PlotCanvas
• setAllowedThreads() : TOPPASScene
• setAllowShortNumbers() : AxisWidget
• setAtBottomRow() : TableView
• setAxisBounds() : AxisWidget
• setBlacklistItems() : FilterableList
• setCallbacks() : ExternalProcessMBox
• setCanvas_() : PlotWidget
• setChanged() : TOPPASScene
• setChromatogramAnnotation() : LayerDataChrom
• setChromData() : LayerDataChrom
• setClipboard() : TOPPASScene
• setColor() : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, ColorSelector, TOPPASEdge
• setCurrentIndex() : LayerData1DBase
• setCurrentLayer() : LayerStack
• setCurrentLayerParameters() : PlotCanvas
• setCurrentLayerPeakPenStyle() : Plot1DCanvas
• setCWD() : InputFile, InputFileList
• setDelayInSeconds() : FileWatcher
• setDescription() : TOPPASScene
• setDFSColor() : TOPPASVertex
• setDirectory() : OutputDirectory
• setDrawInterestingMZs() : Plot1DCanvas
• setDrawMode() : Plot1DCanvas
• setDrawMode1D() : TOPPViewBase
• setEditorData() : ListEditorDelegate, ParamEditorDelegate
• setFeature() : FeatureEditDialog
• setFileFormatFilter() : InputFile, TOPPASInputFileDialog
• setFilename() : InputFile
• setFileName() : ListEditorDelegate
• setFilenames() : InputFileList, TOPPASInputFileListVertex
• setFilters() : PlotCanvas
• setFlags() : Annotation1DTextItem
• setFromParam() : RecentFilesMenu
• setGravityAxis() : Gravitator
• setHeaderExportName() : TableView
• setHeaders() : TableView, TreeView
• setHoverPos() : TOPPASEdge
• setInputOutputCombo_() : ToolsDialog
• setIntensityAsGravity() : Gravitator
• setIntensityMode() : PlotCanvas, PlotWidget, TOPPViewBase
• setInterpolationMode() : MultiGradient, MultiGradientSelector
• setInverseOrientation() : AxisWidget
• setIonLadderVisible() : Plot1DCanvas
• setItems() : FilterableList, ListFilterDialog
• setKey() : TOPPASInputFileListVertex
• setLabel() : PlotCanvas
• setLayerFlag() : PlotCanvas
• setLayerName() : PlotCanvas
• setLeftSplitter() : HistogramDialog, HistogramWidget
• setLegend() : AxisWidget, HistogramDialog, HistogramWidget
• setList() : ListTable, ListEditor
• setListRestrictions() : ListEditor
• setLogMode() : HistogramDialog, HistogramWidget
• setLogScale() : AxisWidget
• setMandatoryExportColumns() : TableView
• setMapper() : Plot1DWidget, Plot2DWidget, Plot3DWidget, PlotCanvas, PlotWidget
• setMargin() : AxisWidget
• setMaxLength() : LogWindow
• setMergeLayers() : TOPPViewOpenDialog
• setMinMaxOfRange() : Plot1DGoToDialog, Plot2DGoToDialog
• setMirrorModeActive() : Plot1DCanvas
• setMobilityData() : LayerDataIonMobility
• setModelData() : ListEditorDelegate, ParamEditorDelegate
• setModified() : ParamEditor
• setName() : LayerDataBase
• setNameSuffix() : LayerDataBase
• setOnDiscPeakData() : LayerDataChrom, LayerDataPeak
• setOutDir() : TOPPASScene
• setOutputFolderName() : TOPPASOutputVertex
• setParam() : TOPPViewPrefDialog, TOPPASToolVertex
• setPeakData() : LayerDataPeak
• setPen() : Annotations1DContainer
• setPeptideIds() : IPeptideIds, LayerDataFeature, LayerDataIdent
• setPipelineRunning() : TOPPASScene
• setPlotWidget() : PlotCanvas
• setPosition() : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, Annotation1DTextItem, Annotation1DVerticalLineItem
• setPrechosenItems() : ListFilterDialog
• setProgress() : GUIProgressLoggerImpl
• setProjectionsVisible() : Plot2DWidget
• setRange() : Plot1DGoToDialog, Plot2DGoToDialog
• setRecycling() : TOPPASVertex
• setRestrictions() : ListEditorDelegate
• setRichText() : Annotation1DCaret< DataPoint >
• setRightSplitter() : HistogramDialog, HistogramWidget
• setSaveFileName() : TOPPASScene
• setSelected() : Annotation1DItem
• setSelectedPen() : Annotations1DContainer
• setSize() : SaveImageDialog
• setSizeRatio_() : SaveImageDialog
• setSourceOutParam() : TOPPASEdge
• setSourceVertex() : TOPPASEdge
• setStatus() : MetaDataBrowser
• setTabText() : EnhancedTabBar
• setTargetInParam() : TOPPASEdge
• setTargetVertex() : TOPPASEdge
• setText() : Annotation1DItem
• setTextBox() : Plot1DCanvas
• setTextOffset() : Annotation1DVerticalLineItem
• setTickLevel() : AxisWidget
• setTicks() : Annotation1DDistanceItem
• setTMTAnnotationMethod() : Plot1DCanvas
• setTool_() : ToolsDialog
• setTopoNr() : TOPPASOutputVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex
• setTopoSortMarked() : TOPPASVertex
• setType() : ListEditorDelegate
• setTypeName() : ListEditorDelegate, ListEditor
• setVerbose() : TVToolDiscovery
• setVisibleArea() : PlotCanvas
• setVisibleArea1D() : TVIdentificationViewController
• setVisibleAreaX() : PlotCanvas
• setVisibleAreaY() : PlotCanvas
• setXLabel() : Plot3DOpenGLCanvas
• setYLabel() : Plot3DOpenGLCanvas
• setZLabel() : Plot3DOpenGLCanvas
• shape() : TOPPASEdge, TOPPASVertex
• show() : EnhancedTabBar
• showAboutDialog() : QApplicationTOPP, TOPPASBase
• showAllHits_() : MetaDataBrowser
• showAsWindow_() : TOPPASBase
• showChromatograms() : TVDIATreeTabController
• showChromatogramsAsNew1D() : DataSelectionTabs, Plot2DCanvas, Plot2DWidget, SpectraTreeTab, TVDIATreeTabController, TVSpectraViewController
• showChromatogramsInCanvas_() : TVDIATreeTabController
• showContextMenu() : HistogramWidget
• showCurrentLayerPreferences() : Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, PlotCanvas
• showCurrentPeaksAs2D() : Plot1DCanvas, Plot1DWidget, Plot3DCanvas, Plot3DWidget, TOPPViewBase
• showCurrentPeaksAs3D() : Plot1DCanvas, Plot1DWidget, Plot2DCanvas, Plot2DWidget, TOPPViewBase
• showCurrentPeaksAsDIA() : Plot1DCanvas, Plot1DWidget, TOPPViewBase
• showCurrentPeaksAsIonMobility() : Plot1DCanvas, Plot1DWidget, Plot2DCanvas, Plot2DWidget, TOPPViewBase
• showCursorStatus() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• showDetails_() : MetaDataBrowser
• showDocumentation() : ParamEditor
• showFileDialog() : InputFile, InputFileList, OutputDirectory, TOPPASOutputFilesDialog
• showFilesDialog() : TOPPASInputFileListVertex
• showFor() : InteractiveSplashScreen
• showGoToDialog() : Plot1DWidget, Plot2DWidget, Plot3DWidget, PlotWidget, TOPPViewBase
• showGridLines() : PlotCanvas
• showIntensityDistribution() : PlotWidget
• showIOMappingDialog() : TOPPASEdge
• showLegend() : AxisWidget, Plot1DWidget, Plot3DCanvas, Plot3DWidget, PlotWidget
• showMetaData() : PlotCanvas
• showMetaDistribution() : PlotWidget
• showPipelineFinishedLogMessage() : TOPPASBase
• showPlotWidgetInWindow() : TOPPViewBase
• showPreferences() : TOPPViewBase
• showProjections() : Plot2DCanvas
• showProjections_() : Plot2DWidget
• showRange() : Plot2DGoToDialog
• showSpectrumAlignmentDialog() : TOPPViewBase
• showSpectrumAsNew1D() : DataSelectionTabs, Plot2DCanvas, Plot2DWidget, SpectraTreeTab, TVIdentificationViewController, TVSpectraViewController
• showSpectrumBrowser() : TOPPViewBase
• showSpectrumGenerationDialog() : TOPPViewBase
• showSpectrumMetaData() : SpectraTreeTab, TOPPViewBase
• showSplitters() : HistogramWidget
• showStatistics() : PlotWidget
• showStatusMessage() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• showTOPPDialog() : TOPPViewBase
• showTOPPDialog_() : TOPPViewBase
• showURL() : TOPPASBase
• showWindow() : TOPPViewBase
• size() : MultiGradient, TOPPASVertex::TOPPASFilenames
• sizeHint() : ColorSelector
• smartFileNames_() : TOPPASToolVertex
• snapToGrid() : TOPPASScene
• SoftwareVisualizer() : SoftwareVisualizer
• somethingHasChanged() : TOPPASEdge, TOPPASVertex
• SourceFileVisualizer() : SourceFileVisualizer
• sourceHasChanged() : TOPPASEdge
• SpectraIDViewTab() : SpectraIDViewTab
• SpectraTreeTab() : SpectraTreeTab
• SpectrumAlignmentDialog() : SpectrumAlignmentDialog
• spectrumContextMenu_() : SpectraTreeTab
• spectrumDeselected() : SpectraIDViewTab
• spectrumDoubleClicked() : SpectraTreeTab
• spectrumSearchText_() : DIATreeTab, SpectraTreeTab
• spectrumSelected() : SpectraIDViewTab, SpectraTreeTab
• SpectrumSettingsVisualizer() : SpectrumSettingsVisualizer
• stairsInterpolation() : MultiGradientSelector
• start() : FakeProcess
• startPos() : TOPPASEdge
• startProgress() : GUIProgressLoggerImpl
• store() : AcquisitionInfoVisualizer, AcquisitionVisualizer, BaseVisualizerGUI, ContactPersonVisualizer, DataProcessingVisualizer, DocumentIdentifierVisualizer, ExperimentalSettingsVisualizer, GradientVisualizer, HPLCVisualizer, InstrumentSettingsVisualizer, InstrumentVisualizer, IonDetectorVisualizer, IonSourceVisualizer, MassAnalyzerVisualizer, MetaInfoDescriptionVisualizer, MetaInfoVisualizer, ParamEditor, PeptideHitVisualizer, PeptideIdentificationVisualizer, PrecursorVisualizer, ProductVisualizer, ProteinHitVisualizer, ProteinIdentificationVisualizer, SampleVisualizer, ScanWindowVisualizer, SoftwareVisualizer, SourceFileVisualizer, SpectrumSettingsVisualizer, TOPPASResources, TOPPASScene
• storeFullCM() : LayerStoreDataConsensusMapAll
• storeFullData() : LayerData1DChrom, LayerData1DIonMobility, LayerData1DPeak, LayerDataBase, LayerDataChrom, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataIdent, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak
• storeFullExperiment() : LayerStoreDataPeakMapAll
• storeFullFM() : LayerStoreDataFeatureMapAll
• storeFullIdent() : LayerStoreDataIdentAll
• storeINI_() : ToolsDialog, TOPPASToolConfigDialog
• storeRecursive_() : ParamEditor
• storeRotationAndZoom() : Plot3DOpenGLCanvas
• storeVisibleChromatogram() : LayerStoreDataPeakMapVisible
• storeVisibleCM() : LayerStoreDataConsensusMapVisible
• storeVisibleData() : LayerData1DChrom, LayerData1DIonMobility, LayerData1DPeak, LayerDataBase, LayerDataChrom, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataIdent, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak
• storeVisibleExperiment() : LayerStoreDataPeakMapVisible
• storeVisibleFM() : LayerStoreDataFeatureMapVisible
• storeVisibleIdent() : LayerStoreDataIdentVisible
• storeVisibleSpectrum() : LayerStoreDataPeakMapVisible
• swap() : Gravitator
• switchOrientation_() : SpectraIDViewTab
• sync_() : RecentFilesMenu
• synchronizePeakAnnotations() : LayerData1DPeak