Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- p -

• packedEntryMz_() : FragmentIndex
• packKey_() : MSImagingGeometry
• pairCompoundWithAnnotatedTDSpectraPairs() : MetaboTargetedAssay
• pairedFDP() : EntrapmentEvaluation::Result
• PairIterator() : AnnotatedMSRun::PairIterator< T1, T2 >
• pairPeptides() : EntrapmentEvaluation
• Param() : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param, Param
• ParamCTDFile() : ParamCTDFile
• ParamEntry() : Param::ParamEntry
• paramEntryToParameterInformation_() : TOPPBase
• ParameterInformation() : ParameterInformation
• ParamIterator() : Param::ParamIterator
• paramName_() : ProSEAlgorithm
• ParamNode() : Param::ParamNode
• paramToJSON() : QPXDatasetExport
• paramToParameterInformation_() : TOPPBase
• ParamValue() : ParamValue
• ParamXMLFile() : ParamXMLFile
• ParamXMLHandler() : ParamXMLHandler
• parentFromFilter_() : ThermoRawFileMetadata
• ParentGroupSet() : ParentGroupSet
• ParentMatch() : ParentMatch
• ParentSequence() : ParentSequence
• ParquetFilter() : ParquetFilter
• ParquetFilterBuilder() : ParquetFilterBuilder
• ParquetTableStream() : ParquetTableStream
• parse() : EnzymaticDigestion::SimpleCleavageRule, IMSAlphabetParser< AlphabetElementType, Container, InputSource >, IMSAlphabetTextParser, LogConfigHandler, MzPAF, ProForma
• parse_() : XMLFile
• parseAdduct_() : NucleicAcidSearchEngine
• parseAdductsFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseAdductString() : AdductInfo
• parseAnalysisSoftwareList_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseAnnotations_() : PEFFFile
• parseBuffer_() : XMLFile
• parseCommandLine() : Param
• parseCommandLine_() : TOPPBase
• parseCvParam_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseDBSequenceElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseDisulfideBond_() : PEFFFile
• ParseError() : ParseError, ProForma::ParseError
• parseErrorIf_() : ExperimentalDesignFile
• parseFooter_() : IndexedMzMLHandler
• parseFormula_() : EmpiricalFormula
• parseFragmentAnnotation_() : IdXMLFile
• parseHeader_() : ExperimentalDesignFile, MSPFile
• parseHeaderLine_() : PEFFFile
• parseIDType() : Scores
• parseInputElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseInt() : StringManager
• parseIon() : ProForma
• parseIonName() : FragmentIonLikelihoodModel
• parseIonSeries() : FragmentIonLikelihoodModel
• parseIsotopeDistribution_() : ElementDB
• parseLine_() : AbsoluteQuantitationMethodFile
• parseMappingFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseMod_() : NASequence
• parseModification_() : PEFFFile
• parseModRoundBrackets_() : AASequence
• parseModSquareBrackets_() : AASequence
• parseMultiple() : MzPAF
• parseOffsets() : IndexedMzMLDecoder
• parseOneTableFile_() : ExperimentalDesignFile
• parseParamGroup_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseParenList_() : PEFFFile
• parsePeptideElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePeptideEvidenceElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePeptideSiblings_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePosition_() : UniProtXMLHandler
• parseProcessedRegion_() : PEFFFile
• parseProteinAmbiguityGroupElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseProteinDetectionHypothesisElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseProteinDetectionListElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseRange_() : TOPPBase
• parseSpectrumIdentificationElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationItemElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationItemSetXLMS() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationListElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationProtocolElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseString_() : AASequence, NASequence
• parseStructMappingFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseTSVLine_() : TransitionTSVFile
• parseTwoTableFile_() : ExperimentalDesignFile
• parseUserParam_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseVariantComplex_() : PEFFFile
• parseVariantSimple_() : PEFFFile
• partitionIntoRuns_() : MzTabFile
• passes() : DataFilters
• passesFilters_() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian
• passesScoreCutoff_() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• passOnDiscToPlugin_() : SwathFile
• path() : File
• pathLabelMapper_() : ExperimentalDesign
• Peak() : IMSIsotopeDistribution::Peak
• Peak1D() : Peak1D
• Peak2D() : Peak2D
• PeakAlignment() : PeakAlignment
• PeakCandidate() : MassTraceDetection::PeakCandidate
• PeakFileOptions() : PeakFileOptions
• PeakGroup() : PeakGroup
• PeakIndex() : PeakIndex
• PeakIntegrator() : PeakIntegrator
• peakPairScore_() : PeakAlignment
• PeakPickerChromatogram() : PeakPickerChromatogram
• PeakPickerHiRes() : PeakPickerHiRes
• PeakPickerIM() : PeakPickerIM
• PeakPickerIterative() : PeakPickerIterative
• PeakPickerMobilogram() : PeakPickerMobilogram
• peakPickingPerWindowsInSpectrum_() : AScore
• peaks() : FragmentIonLikelihoodModel::PeakLists
• PeakSpectrumCompareFunctor() : PeakSpectrumCompareFunctor
• PeakWidthEstimator() : PeakWidthEstimator
• PEFFDatabaseMetadata() : PEFFDatabaseMetadata
• PEFFDisulfideBond() : PEFFDisulfideBond
• PEFFEntry() : PEFFEntry
• PEFFFile() : PEFFFile
• PEFFModification() : PEFFModification
• PEFFProcessedRegion() : PEFFProcessedRegion
• PEFFVariantComplex() : PEFFVariantComplex
• PEFFVariantSimple() : PEFFVariantSimple
• pEmp() : MultipleTesting
• PepNovoInfile() : PepNovoInfile
• PepNovoOutfile() : PepNovoOutfile
• PeptDeepCCSInference() : PeptDeepCCSInference
• PeptDeepLibraryPredictor() : PeptDeepLibraryPredictor
• PeptDeepMS2Inference() : PeptDeepMS2Inference
• PeptDeepRescoring() : PeptDeepRescoring
• PeptDeepRTInference() : PeptDeepRTInference
• Peptide() : FragmentIndex::Peptide, Peptide
• PeptideAndProteinQuant() : PeptideAndProteinQuant
• PeptideCompound() : PeptideCompound
• peptideCount() : ProteaseDigestion
• peptideCountsType() : QPXPgSchema
• PeptideData() : PeptideAndProteinQuant::PeptideData
• PeptideDigestionFilter() : IDFilter::PeptideDigestionFilter
• PeptideEvidence() : PeptideEvidence
• PeptideHit() : PeptideHit
• PeptideIdentification() : PeptideIdentification
• PeptideIdentificationList() : PeptideIdentificationList
• peptideIDsMergeable() : ProteinIdentification
• PeptideIndexing() : PeptideIndexing
• peptideKey() : MultiplexResolverAlgorithm
• PeptideMass() : PeptideMass
• PeptideProteinResolution() : PeptideProteinResolution
• peptideScore_() : AScore
• peptideSectionRowFromConsensusFeature_() : MzTab
• peptideSectionRowFromFeature_() : MzTab
• peptidesType() : QPXPgSchema
• peptidoformFromJSON() : ProForma
• peptidoformIonFromJSON() : ProForma
• peptidoformRendering_() : FragmentIndex
• PepXMLFile() : PepXMLFile
• PepXMLFileMascot() : PepXMLFileMascot
• percentOfTotal_() : NeighborSeq::NeighborStats
• Percolator() : Percolator
• PercolatorFeature() : OSWFile::PercolatorFeature
• PercolatorOutfile() : PercolatorOutfile
• performCalibration() : CalibrationWorkflow
• performExtraction() : OpenSwathWorkflow
• performIbaqNormalization_() : PeptideAndProteinQuant
• performLinearCalibration_() : CalibrationWorkflow
• performLinearThenNonlinearCalibration_() : CalibrationWorkflow
• performRTNormalization() : CalibrationWorkflow
• performSpectrumDeconvolution() : SpectralDeconvolution
• pgAccessionsType() : QPXFeatureSchema
• pgPositionsType() : QPXFeatureSchema
• pi0Est() : MultipleTesting
• pi0MethodToString() : MultipleTesting
• pick() : PeakPickerHiRes, PeakPickerIterative
• pick_() : PeakPickerHiRes
• pickApex() : MRMTransitionGroupPicker
• pickChromatogram() : PeakPickerChromatogram
• pickChromatogram_() : PeakPickerChromatogram
• pickChromatogramCrawdad_() : PeakPickerChromatogram
• pickExperiment() : ChromatogramProcessor, MRMFeatureFinderScoring, PeakPickerHiRes, PeakPickerIterative
• pickFragmentChromatograms() : MRMTransitionGroupPicker
• pickIMCluster() : PeakPickerIM
• pickIMElutionProfiles() : PeakPickerIM
• pickIMTraces() : PeakPickerIM
• pickMobilogram() : PeakPickerMobilogram
• pickMobilogram_() : PeakPickerMobilogram
• pickPrecursorChromatograms() : MRMTransitionGroupPicker
• pickRecenterPeaks_() : PeakPickerIterative
• pickScoreType() : IdentificationData
• pickSpectrum() : TargetedSpectraExtractor
• pickTransitionGroup() : MRMTransitionGroupPicker
• pinEnzymeName() : ProSEAlgorithm
• pinFeatureEnzyme() : ProSEAlgorithm
• pinHitColumns_() : PercolatorInfile
• PipEchoAlgorithm() : PipEchoAlgorithm
• PlainMSDataWritingConsumer() : PlainMSDataWritingConsumer
• planWaves() : OpenSwathWorkflowScheduler
• plotTargetDecoyEstimation() : PosteriorErrorProbabilityModel
• pNorm() : MultipleTesting
• polar() : AAIndex
• polarityToString() : IonSource
• poolSearchedFiles_() : ProSEAlgorithm
• pop_back() : ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• pop_count() : Bitset
• populate_raster_() : LinearResamplerAlign
• populateChromatogramsWithData_() : MzMLHandler, MzMLSqliteHandler
• populateMetaData_() : SwathFile
• populatePeptideRTMap_() : ChromatogramExtractor
• populateRaster() : LinearResampling
• populateSpectraWithData_() : MzMLHandler, MzMLSqliteHandler, MzXMLHandler
• portable_random_shuffle() : RandomShuffler
• pos() : Index
• pos_neg_mean_weighted_posteriors() : PosteriorErrorProbabilityModel
• pos_neg_sigma_weighted_posteriors() : PosteriorErrorProbabilityModel
• PosBegin() : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum
• PoseClusteringAffineSuperimposer() : PoseClusteringAffineSuperimposer
• PoseClusteringShiftSuperimposer() : PoseClusteringShiftSuperimposer
• PosEnd() : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum
• position() : FASTAFile
• positionScore_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• Postcondition() : Postcondition
• PosteriorErrorProbabilityModel() : PosteriorErrorProbabilityModel
• postProcess_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• postprocess_() : FeatureGroupingAlgorithm
• postProcessHits_() : NucleicAcidSearchEngine, ProSEAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• ppmBounds() : PeakPickerIM
• preallocate() : MRMFeatureFinderScoring::OpenSwath_Ind_Scores_Pooled
• PrecalculatedAveragine() : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• PrecisionWrapper() : PrecisionWrapper< FloatingPointType >
• Precondition() : Precondition
• Precursor() : Precursor
• precursor_charge() : MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_
• precursorCharges() : FragmentIndex
• precursorFiltered() : ThermoRawScanSelection
• precursorInference() : OpenSwathPeptidoformInference
• PrecursorInfo() : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• precursorMzToleranceUnitIsPPM() : SiriusExportAlgorithm
• precursors() : ThermoRawFileMetadata
• precursorWindows_() : FragmentIndex
• predict() : NuXLRTPrediction, MZTrafoModel, PeptDeepLibraryPredictor, SimpleSVM
• predictCCS() : PeptDeepCCSInference
• Prediction() : Prediction
• predictMS2() : PeptDeepMS2Inference
• predictRT() : PeptDeepRTInference
• prefixableStreams_() : LogStreamBuf
• PrefixInfo_() : FuzzyStringComparator::PrefixInfo_
• prefixMass_() : FragmentIndex
• prepare_coordinates() : ChromatogramExtractor
• prepareAssays() : OpenSwathLibraryPreparation
• prepareChromOutput() : TOPPOpenSwathBase
• prepareChroms_() : MzMLSqliteHandler
• prepareContext() : ProSEAlgorithm
• prepareContext_() : ProSEAlgorithm
• prepareEmpiricalLibraryToPQP() : OpenSwathLibraryPreparation
• prepareExtractionCoordinates_() : OpenSwathWorkflowBase
• prepareFeatureOutput_() : MRMFeatureFinderScoring
• prepareFit_() : EmgScoring
• prepareIrtExperiments() : CalibrationWorkflow
• prepareLine() : OpenSwathOSWWriter
• prepareMasterContainer_() : MRMTransitionGroupPicker
• prepareMobilogramOutput() : TOPPOpenSwathBase
• prepareNoiseDecoySpectrum_() : SpectralDeconvolution
• preparePin_() : PercolatorInfile
• preparePrecursorBM() : OpenSwathPeptidoformInference
• preparePredictedLibraryToPQP() : OpenSwathLibraryPreparation
• prepareProteinPeptideMaps_() : MRMFeatureFinderScoring
• prepareQueriesBaseFeature_() : OMSFileLoad
• prepareQueryAppliedProcessingStep_() : OMSFileLoad
• prepareQueryMetaInfo_() : OMSFileLoad
• prepareRows() : OpenSwathOSWWriter
• prepareRowsInto() : OpenSwathOSWWriter
• prepareScan_() : Biosaur2Algorithm
• prepareScoredFeatureOutput_() : MRMFeatureFinderScoring
• prepareSignalDecoyExclusions_() : SpectralDeconvolution
• prepareSpectra_() : ChromatogramExtractor, MzMLSqliteHandler
• preprocess() : SpectraSTSimilarityScore
• preprocessDataPoints_() : TransformationModelInterpolated
• PreprocessedPairSpectra() : OPXLDataStructs::PreprocessedPairSpectra
• preprocessing() : SiriusExportAlgorithm
• preprocessPairs_() : OpenPepXLAlgorithm
• preprocessSearchedSpectra_() : ProSEAlgorithm
• preprocessSpectra() : OPXLSpectrumProcessingAlgorithms
• preprocessSpectra_() : NucleicAcidSearchEngine, ProSEAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• preScore() : XQuestScores
• presenceProbability() : FragmentIonLikelihoodModel
• prettyPrintCompound() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• print() : InternalCalibration::CalibrantStats_
• PrintAddressVisitor() : IDBoostGraph::PrintAddressVisitor< CharT >
• printDeltaMassesList() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• printEdgesOfConnectedFeatures_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• printGraph() : IDBoostGraph
• printRange() : RangeManager< RangeBases >
• printSamplesLabelsList() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• printStats() : IsobaricChannelExtractor
• printStatsWithMissing() : IsobaricChannelExtractor
• printSummary() : TransformationDescription
• printUsage_() : TOPPBase
• processChromatogram_() : MSDataWritingConsumer, NoopMSDataWritingConsumer, PlainMSDataWritingConsumer
• processFAIMSGroup_() : Biosaur2Algorithm
• processHills_() : Biosaur2Algorithm
• processingActionToString() : DataProcessing
• ProcessingSoftware() : ProcessingSoftware
• ProcessingStep() : ProcessingStep
• processOutliers_() : PosteriorErrorProbabilityModel
• processPeak_() : MassTraceDetection
• processRun_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• processSpectrum_() : MSDataWritingConsumer, NoopMSDataWritingConsumer, PlainMSDataWritingConsumer
• processTOF_() : Biosaur2Algorithm
• Product() : Product
• profilePeakCenters_() : IDFreeMassErrorEstimator
• ProgressLogger() : ProgressLogger
• progressPosition_() : FASTAFile
• ProSEAlgorithm() : ProSEAlgorithm
• ProteaseDB() : ProteaseDB
• Protein() : Protein
• proteinAccessionsType() : PSMSchema
• ProteinData() : PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• ProteinGroup() : ProteinIdentification::ProteinGroup
• proteinGroupID_() : MQExporterHelper
• ProteinHit() : ProteinHit
• ProteinIdentification() : ProteinIdentification
• proteinSectionRowFromProteinHit_() : MzTab
• proteinTermini() : NuXLSiteLocalization
• ProtXMLFile() : ProtXMLFile
• provenanceView() : QPXDatasetExport
• prune_() : ThermoRawFileMetadata
• pruneEmptyDataArrays() : ImzMLSpectrumRules
• pseudoCount() : FragmentIonLikelihoodModel
• pseudoreversePeptide_() : MRMDecoy
• pseudoreversePeptideLight_() : MRMDecoy
• psmColumns() : QPXDatasetExport
• PSMExplainedIonCurrent() : PSMExplainedIonCurrent
• PSMSectionRowFromPeptideID_() : MzTab
• PTMXMLFile() : PTMXMLFile
• PTMXMLHandler() : PTMXMLHandler
• Publication() : Publication
• pullIn() : DRange< D >
• PurityState_() : IsobaricChannelExtractor::PurityState_
• push_back() : ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, IDDataContainer< Value, Key, Prefix, KeyMembers >, IDSequencedContainer< Value, Key, KeyMember >, IMSAlphabet, Mobilogram, PeakGroup
• pushInto() : Area< N_DIM >, RangeBase, RangeManager< RangeBases >
• pushIntoUnsafe() : RangeManager< RangeBases >
• pushValuesFromLine_() : MRMFeatureQCFile
• PValue_() : LabeledPairFinder